En 2002 comenzaron los torneos cortos y pasaron dos años para que la “U” gritara campeón. El 23 de junio de 2004 los azules disputaron la final de ida del Apertura ante Cobreloa en Santiago y empataron 0-0. Ya en la vuelta en Calama, el 27 de junio, el marcador fue 1-1 y los universitarios festejaron merced al autogol de Esteban González. Ello forzó los penales y el chuncho ganó 4-2. El gol que selló la tanda lo anotó el portero Johnny Herrera. Quienes vistieron más la camiseta en esta temporada fueron José Rojas y Diego Rivarola con 24 partidos jugados y el goleador del equipo fue “Gokú” con 13 tantos.
 

Campeonato Nacional - 2010

1 Colo Colo 38
2 Universidad de Chile 36
3 UC 34
4 O'Higgins 26
5 U. Española 25
6 Unión San Felipe 25
7 Audax 24
8 Cobresal 24
9 Huachipato 23
10 Everton 22
11 Santiago Wanderers 21
12 Palestino 20
13 Ñublense 19
14 U. Concepción 18
15 Cobreloa 18
16 Santiago Morning 17
17 La Serena 15
18 San Luis de Quillota 12